Les groupes de travail peuvent être ad-hoc ou avoir un objectif précis, avoir une durée limitée ou êtres permanents.
Le Comité Exécutif met en place les groupes suivants:
- Groupe de travail sur les pêcheries pélagiques;
- Groupe de travail sur les pêcheries benthiques et démersales;
- Groupe de travail sur la Pêche illicite, non déclarée et non réglementée (IUU) et autres sujets connexes;
- Groupe de travail sur l’Aquaculture.
Les groupes de travail doivent débattre leurs questions de manière transversale, et considérer les bassins:
- Domaine Ouest-Atlantique;
- Domaine Est-Atlantique;
- Domaine de l’Océan Indien.